Francesco espresse il suo amore alla Madonna anche con un particolare affetto per un suo santua­rio, quello di Santa Maria degli Angeli, detto anche Porziuncola, che incominciò a frequentare ancora prima della sua conversione. Quando l'uomo di Dio la vide abbandonata, spinto dalla sua fervente devozione per la Regina del mondo, vi fissò la sua dimora, con l'intento di ripararla. Francesco aveva venerazione per la Porziuncola so­prattutto perché lì si chiarì definitivamente la sua vocazione, come ricorda san Bonaventura: «Mentre egli dimorava assiduamente nella chiesa dedicata al­la Vergine, favorito dai meriti di colei che offrì il prezzo della nostra salvezza, meritò di scoprire la via della perfezione, mediante lo spirito della verità evangelica, in lui divinamente infuso». «Successivamente Francesco, seguendo la volontà e l'ispirazione di Dio, domandò umilmente la chiesa all'abate di San Benedetto del monte Subasio, presso Assisi»; «egli era contento che gli venisse data la Porziuncola, soprattutto perché la chiesa era dedica­ta alla Madre di Cristo»; «voleva che l'Ordine dei minori crescesse e si sviluppasse sotto la prote­zione della Madre di Dio là dove, per i meriti di lei, aveva avuto inizio»; volle che anche la consa­crazione di Chiara avvenisse in quel luogo. Le fonti ricordano: «II capitolo deve essere tenuto alla Porziuncola, a meno che non sarà ordinato diversamente dal ministro e servo di tutta la fra­ternità»; «fece­ro ritorno tutti nel tempo stabilito a Santa Maria della Porziuncola»; lì volle il pranzo con santa Chiara: «Io voglio che questo mangiare si faccia in Santa Maria degli Angeli, poiché ella è stata lun­go tempo rinchiusa in Santo Damiano, sicché le gio­verà di vedere il luogo di Santa Maria, dove ella fu tenuta e fatta sposa di Gesù Cristo»; lì volle morire: «Dimorava allora il santo nel palazzo del ve­scovo di Assisi, e pregò i frati di trasportarlo in fret­ta a Santa Maria della Porziuncola, volendo rendere l'anima a Dio, là dove per la prima volta aveva co­nosciuto chiaramente la via della verità»; lì avrebbe desiderato essere sepolto: «sebbene il felice padre, il beato Francesco, avesse desiderato di esse­re sepolto in quella chiesa, la gente del luogo e i cit­tadini di Assisi... lo trasportarono in città». Francesco volle che anche i frati amassero questo luogo e disse loro: «Guardatevi, figli miei, di non abbandonare mai questo luogo; se ne foste scacciati da una parte, rientratevi dall'altra, perché questo luogo è veramente santo e abitazione di Dio. Qui, quando eravamo pochi, l'Altissimo ci ha moltiplicati; qui ha illuminato con la sua sapienza i cuori dei suoi poverelli; qui ha acceso il fuoco del suo amore nelle nostre volontà. Qui chi pregherà con devozio­ne otterrà ciò che avrà chiesto, mentre chi profanerà questo luogo sarà maggiormente punito. Perciò, figli, stimatelo de­gno di ogni onore, dimora di Dio, e con tutto il vostro cuore, con voce esultante qui inneg­giate al Signore». «Voglio che Santa Maria della Porziuncola resti lo specchio di tutto l'Ordine e sia come un candelabro dinanzi al tro­no di Dio e alla beata Vergine. E grazie ad esso, il Signore abbia pietà dei difetti e delle colpe dei frati e con­servi sempre e protegga il nostro Ordine, sua pianticella»